Die Technologie eignet sich ebenfalls hervorragend zur Quantifizierung von Schimmelpilz oder Bakterien in komplexeren Umgebungen, z. B. innerhalb poröser Materialien, in Flüssigkeiten, in der Luft oder auf Oberflächen. Beispiele für spezifische, von Mycometer entwickelte Protokolle sind die Messung von Schimmelpilz in kalkzementhaltigen Materialien, in Dämmstoffen, in Joghurt, in Diesel sowie auf der Oberfläche von Pflanzenblättern.